マネージド型ルールで評価できない場合は、Lambda関数で評価することができる。
Lambda関数のサンプルはGithubにあるので、流用すると良いです。

＜設定例＞
・RDSのインスタンスタイプが指定のタイプか

作成されているDBインスタンスが「db.t2.micro」以外だったら「非準拠」となる。

・ルール
　名前：rds-desired-instance
　管理されるルールの名前：下記に登録するLambda関数

・トリガー
　設定変更時:チェックする
　変更範囲：リソース

・リソース
　リソースタイプ：AWS RDS DBInstance

・パラメータ
　キー：DBInstance
　値：db.t2.micro

Pythonで作成サンプルを流用
Lambda関数のロールは下記をアタッチしました。
AwsConfigから受取ったeventのJSONデータを弄っているだけなので、RDSへのアクセス権限は不要っぽいです。

・AWSConfigRulesExecutionRole
・CloudWatchLogsFullAccess

#
# This file made available under CC0 1.0 Universal (https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode)
#
# Ensure all RDS DB Instances are of a Given Type
# Description: Checks that all RDS DB instances are of the type specified
#
# Trigger Type: Change Triggered
# Scope of Changes: RDS::DBInstance
# Required Parameter: DBInstance
# Example Value: db.t2.small
# 
# See https://aws.amazon.com/ec2/instance-types/ for more instance types

import boto3
import json

def is_applicable(config_item, event):
    status = config_item['configurationItemStatus']
    event_left_scope = event['eventLeftScope']
    test = ((status in ['OK', 'ResourceDiscovered']) and
            event_left_scope == False)
    return test


def evaluate_compliance(config_item, rule_parameters):
    if (config_item['resourceType'] != 'AWS::RDS::DBInstance'):
        return 'NOT_APPLICABLE'

    elif (config_item['configuration']['dBInstanceClass'] in
            rule_parameters['DBInstance']):
        return 'COMPLIANT'
    else:
        return 'NON_COMPLIANT'


def lambda_handler(event, context):
    invoking_event = json.loads(event['invokingEvent'])
    rule_parameters = json.loads(event['ruleParameters'])

    compliance_value = 'NOT_APPLICABLE'

    if is_applicable(invoking_event['configurationItem'], event):
        compliance_value = evaluate_compliance(
                invoking_event['configurationItem'], rule_parameters)

    config = boto3.client('config')
    response = config.put_evaluations(
       Evaluations=[
           {
               'ComplianceResourceType': invoking_event['configurationItem']['resourceType'],
               'ComplianceResourceId': invoking_event['configurationItem']['resourceId'],
               'ComplianceType': compliance_value,
               'OrderingTimestamp': invoking_event['configurationItem']['configurationItemCaptureTime']
           },
       ],
       ResultToken=event['resultToken'])