S3のクロスリージョンレプリケーションのバージョンはV1とV2がある。
クロスリージョンレプリケーションでは、レプリケート元/先の双方でバージョニングを有効にする必要がある。
意識せず設定すると、デフォルト(V2)で設定される。
V2では、バージョニングが有効の為、削除した際に削除マーカーが付与されるが、V2だと削除マーカーがレプリケートされない。
V1のレプリケーションルール設定をすることで削除マーカーもレプリケート可能となるので手順を記載する。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonS3/latest/dev/replication-what-is-isnot-replicated.html

下記を参考に、手順4まで進める。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonS3/latest/dev/replication-walkthrough1.html
手順5で下記の書式のJsonファイルを利用してレプリケーションルールを作成することでV1の設定が可能となる。

{
  "Role": "IAM-role-ARN",
  "Rules": [
    {
      "Status": "Enabled",
      "Priority": "",
      "Destination": {
        "Bucket": "arn:aws:s3:::destination-bucket" #レプリケート元バケット名
      }
    }
  ]
}

以下がV2との違い
・Priorityを指定しない
・DeleteMarkerReplicationを指定しない
・Filterを指定しない

※既にGUI等で設定済みのV2ルールに対してV1の書式で設定変更はできないので新規ルールを作成すること